Hlavní postavou je Jack Sherpard, který je páteřní chirurg. Po ztroskotání letadla se objeví v bambusovém remízku. Odtud vyběhne na pláž, kde objeví trosky letadla a ostatní přeživší. Okamžitě jim začne pomáhat.

Hned v pilotním díle přeživší objeví v džungli kabinu letadla a v ní vysílačku. Chtějí pomocí ní zavolat pomoc, ale zjistí, že už někdo vysílá zprávu o pomoc, a to už celých 15 let.

První dny v džungli řádí příšera v podobě černého kouře, která na sebe vzala podobu Jackova mrtvého otce.

Další důležitou postavou je John Locke. Ten v džungli objevil poklop, který se nedá nijak otevřít. Řekne o něm pouze Boonovi. Spolu naleznou také staré letadlo, ale při jeho prozkoumávání spadne i s Boonem ze stromu a Boon se vážně zraní. Jack ho už nedovede zachránit.

Později se objeví francouzka, která vysílala tu zprávu o pomoc. Mluví o tzv. druzích - lidé, kteří žijí na ostrově a vzali ji dítě. Přeživší ji zprvu nevěřili, ale pak zjistili, že mezi sebou mají špeha od druhých. Když ho odhalili, pokusil jednoho z přeživších zabít, ale nakonec zabili jeho.

Afroameričan Michael Dawson se rozhodl postavit vor, aby s ním doplul do civilizace a poslal pomoc ostatním. Vor mu ostatní mohou dokončit a odpluli na něm celkem čtyři lidi - Michael, jeho syn, korejec Jin a Sawyer.

John řekl ostatním o poklopu. Francouzka se nabídla, že ví, kde je na ostrově dynamit. Několik lidí s ní jde do staré dřevěné lodi uprostřed džungle a tam si vezmou dynamit, kterým odpálí víko poklopu.

Druhá řada začíná bezprostředně po odpálení poklopu. Zjistí, že poklop je dobře zařízený a naleznou zde Desmonda, který si myslí, že je v karanténě a každých 108 minut zadává čísla 4 8 15 16 23 42, aby zachránil svět. Při potyčce se rozbil počítač. Desmond zpanikařil a utekl na svoji skrytou plachetnici a odplul z ostrova. Přeživší počítač opravili včas a pro jistotu pokračovali v Desmondově práci.

Vor s trosečníky se dostal do konfliktu se člunem druhých a ti jim vor rozbili a unesli Michaelova syna, který se pak zjevuje ostatním trosečníkům (tato záhada nebyla nikdy objasněna). Na troskách voru se dostali zpět na ostrov. Zde je překvapí lidi, kteří je ihned zavřou do jámy. Postupně zjišťují, že jsou také z letadla - ze zadní části. Ovšem mají větší zkušenosti s druhými, a tak jsou opatrnější. Spolu odcházejí k první půlce. Při cestě omylem zastřelí Anna-Lucia Shannon z první půlky.

Objevila se Desmondova loď - jak by také mohl trefit do civilizace, když má loď plnou chlastu.

Trosečníci se rozhodli zaútočit na vesnici druhých. Jedna polovina pluje na plachetnici a druhá jde přes džungli. Ovšem druzí o tom věděli, přepadli je a několik z nich unesli.

Michael byl práskač a za odměnu dostal člun, aby mohl se synem odplout z ostrova.

John se rozhodne zkusit, co se stane, když nezadá čísla do počítače. Ostatní mu v tom chtějí zabránit, ale on rozbije počítač. Ovšem brzy zjistil, že udělal chybu. Po dokončení odpočtu se začalo zvětšovat magnetické pole a začali kolem lítat kovové věci. Desmond se obětuje a vyhodí celou základnu do vzduchu.

Sawyer, Kate a Jack jsou uvězněni druhými. Sawyer s Kate jsou uvězněny v klecích pro medvědy, ale podaří se jim utéci za pomoci dcery francouzky.

Jacka věznili na ponorce a chtěli po něm, aby Benovi, vůdci druhých, vyoperoval nádor na páteři. Ten to odmítal, ale nakonec to udělal.

V džungli poblíž tábora trosečníků se objevuje nahý Desmond a tvrdí, že znovu prožil celý svůj život.

Po návratu Kate a Sawyera jde skupina trosečníků zachránit Jacka, ale při jeho záchraně exploduje ponorka - jediná cesta z ostrova.

John Locke se chce stát jedním z druhých. Dostane za úkol zabít svého otce, ale nakonec přinutí Sawyera, aby ho zabil za něj, protože Johnův otec Sawyerovi zabil rodinu. Ben zavede Locka do Jacobovi chatrče, ale Jacob je pravděpodobně neviditelný a Locke si myslí, že si Ben vymýšlí.

Trosečníci objeví zraněnou Naomi, která přistála na ostrově padákem. Zjišťují, že poblíž ostrova kotví její loď.

Druzí chtějí zaútočit na tábor trosečníků. Trosečníci o tom vědí, a tak nastraží pasti a vydají se k vysílači, aby zavolali na kotvící loď. Tam se potkají s druhými. Druzí varují trosečníky, že na lodi nejsou dobří lidé. Locke zabije Naomi, ale přesto Jack zavolá na loď.

V poslední expizodě třetí řady se objevuje první flashfoward - pohled do budoucnosti, kdy se zachránilo 6 lidí z ostrova a v mediích se o nich mluví jako o Oceanic 6.

Trosečníci se rozdělí na dvě poloviny. První polovina věří, že lidé na lodi je chtějí zachránit a jdou s Jackem. Druhá se lidí na lodi bojí a jdou s Lockem do vesnice druhých. Na ostrově přistane vrtulník s lidmi z lodi. Nejdříve to vypadá, že je chtějí zachránit, ale pak se dostane na ostrov skupina vojáků, která má za úkol zabít Bena, což se jim nepovede.

Ben se rozhodne přemístit ostrov, aby ho ochránil před lidmi z lodi. V podobné základně, jako byl Desmond, se nachází kolo, kterým lze ostrov přemístit.

Na konci řady jsou lidé z ostrova přemísťováni na loď vrtulníkem, ale na lodi je bomba, která brzy vybuchne. Několik lidí se snaží evakuovat z lodi vrtulníkem, ale ten už na ostrov nedoletí, protože Ben ho právě přemístil. Vrtulníku dojde palivo a spadne do vody. Lidé z vrtulníku se zachrání na člunu a brzy je zachrání jiná loď. Zachránění trosečníci se dohodnou, že veřejnosti sdělí, že pád letadla nikdo jiný nepřežil a svět je pozná jako Oceanic 6.

Sezóna končí pohledem do budoucnosti, kde se Jack jde podívat na mrtvého Johna Locka v rakvi. John ale nebyl v Oceanic 6.

Zbylí trosečníci na ostrově přeskakují v čase, což je způsobeno přemístěním ostrova. Trosečníci brzy zjišťují, že je tyto přeskoky pomalu zabijí. Proto se John rozhodne, že znovu otočí kolem, což pomůže. Ale teleportuje se do Tunisu, jako dříve Ben.

John chce ostatní přesvědčit, aby se vrátili na ostrov. Neuspěje, a tak chce spáchat sebevraždu. Na poslední chvíli ho zachrání Ben, ale jakmile od Johna získá informace, tak ho sám zabije.

Trosečníci na ostrově přestali přeskakovat v čase, ale zůstali 30 let v minulosti v době, kdy na ostrově byla Dharma, které patřili základny na ostrově. Trosečníci s nimi začnou žít.

Benovi se nakonec po třech letech povede přesvědčit ostatní, aby se vrátili na ostrov a zachránili ostatní. Letí letadlem, které musí nouzově přistát na ostrově. Trosečníci z Oceanic 6 se přesunou do doby, kde jsou ostatní trosečníci. Ostatní lidé nejsou obyčejní cestující, ale jsou podobní těm z lodi v minulé řadě.

Na palubě letadla byla i rakev s mrtvým Lockem, který na ostrově záhadně oživl a chce zabít Jakoba. Jdou spolu s Benem za Jakobem a Locke donutí Bena, aby ho zabil. Locke ale není sám sebou, protože to je monstrum, které na sebe pouze vzalo podobu Locka, a je už od pradávna Jakobovým nepřítelem.

Oceanic 6 se dostane do Dharmy a setká se s ostatními, kteří zde už tři roky spokojeně žijí. Dozvědí se, že se právě staví základna, ve které našli Desmonda, a chtějí přerušit její stavbu, protože právě magnetismus z této základny způsobil pád letadla, po kterém se poprvé ocitli na ostrově. Kdyby se jim to povedlo, tak by letadlo nikdy nespadlo a přistálo normálně v Los Angeles.

Na ostrově naleznou vodíkovou bombu, kterou se rozhodnou hodit do vrtu na místě základny. To se jim i přes odpor trosečníků žijících s Dharmou povede a sezóna končí výbuchem bomby.

Realita se rozdělila na dvě části. V jedné se plán povedl - ostrov je potopen a letadlo v pořádku přistane v Los Angeles. Cestující si ale postupně začínají vzpomínat na to, co se stalo na ostrově a na konci sezóny (a seriálu) se všichni sejdou v jednom kostele.

V druhé se trosečníci přesunou zpět do přítomnosti a objeví se u díry po základně, kterou odpálil Desmond. Je jasné, že plán nevyšel.

Ti se dostanou do chrámu, kde žijí lidé bez kontaktu s vnějším světem. Ale zaútočí na ně lidé z letadla, které přistálo na ostrově. Někteří se zachrání a vydají se k letadlu, aby se ho pokusili získat a odletět z ostrova.

Někteří se setkají s duchem Jacoba a ten chce vybrat svého nástupce. Tím se stane Hurley a spolu s Benem zůstávají na ostrově.

Některým se podaří dostat k letadlu a odletět z ostrova.

Seriál končí tím, že smrtelně zraněný Jack se doplazí do bambusového remízku, ve kterém se objevil na začátku po pádu letadla, a tam umírá.